教育部為提昇離島地區教育水準及縮小城鄉差距，並進一步培育我國資訊產業優質人才，於民國八十七年八月一日（87學年度）在澎湖正式成立全國第一所國立技職院校之資訊工程科，招收二專學生。成立當時由教務主任龔榮源博士召集籌備，首任科主任馬永昌博士，任職一年，其後由胡武誌博士接任。歷經四年努力，民國九十一年八月一日（91學年度）改制為資訊工程系，招收四技學生，並由胡武誌博士擔任首任系主任。至今經歷八任系主任，自民國一百一十三年八月一日起(113學年度)由陳良弼博士擔任第九任系主任。

　　培育「物聯網技術與應用」與「數位內容與應用」的專業技術人才，奠定學生資訊基礎能力為主，加強資訊工程、物聯網技術與網路資安領域的理論實力及應用技能，重視實務與理論結合，加強個案研究探討與專題製作之規劃與實施。

　　本系有七位教授，專長涵蓋人工智慧、物聯網、網路資安、多媒體處理、韌體工程、資料處理等電腦與資訊科學相關領域。本系特別注重基礎理論課程及實務專題的研究，讓三、四年級同學參與系上教授的研究計畫，培育兼具理論及實務的資訊專業人才。

本系課程依專業領域規畫，涵蓋程式設計、數位邏輯、電腦網路、單晶片、資料結構等一系列連貫重點課程，學生可依個人興趣，選擇相關領域且系統性的學習。

• 加強師資陣容，提升學生在資訊工程專業領域的深度和廣度。
• 落實因材施教與輔導教學，落實教師請益時間，協助學生釐清課業問題。
• 充實教學研究設備，滿足師生教學研究所需。
• 提供系館教室和獨立研究空間，提供學生優良的學習環境。
• 培養學生結合理論與實務的專業知識，具備獨立思考、解決問題及創新能力。
• 培養學生具備良好溝通、團隊合作及專業倫理的能力。
• 培養學生習於自我充實的能力，面對國際快速變化的挑戰。
• 培養學生尊重學術、工程倫理、及智慧財產權。
• 媒合學生產業實習，了解資訊相關產業脈動與最新之科技進展。

• 加強教師學術研究能力、提昇研究水準。
• 積極爭取產官學研合作計畫，提昇師生實務與團隊合作能力。
• 本系發展廣佈於資訊工程的主要研究，包含智慧物聯網設計、網路資訊安全、計算機系統、人工智慧、電腦網路、多媒體系統、軟體工程、資料庫系統、資料探勘。教師在這些領域的成果深受肯定，研究成果良好。

• 教師曾獲頒多項國內外重要之學術職務與獎項，包括美國電機電子工程師學會消費性電子技術學會物聯網技術委員會主席、美國電機電子工程師學會資深會員、國際期刊傑出副編輯等。
• 本系曾多次主辦離島資訊會議，深獲好評；多位教師指導之競賽隊伍多次在國內外獲得優異成績，以及在國際/國內會議上榮獲最佳論文獎，例如：國際運算思維挑戰賽大專組榮獲佳績PR99、教育部技專院校數位訊號處理創思設計競賽榮獲第三名、教育部智慧晶片系統應用創新專題實作競賽榮獲全國佳作獎等，成果有目共睹。

　　本系畢業生為資訊工程領域的專業人才，廣佈於國內資訊產業各角落，均有傑出表現。畢業系友大多從事資訊系統、網路工程師、系統程式工程師、韌體工程師、資料庫工程師以及Android / iOS App軟體開發工程師等資訊相關工作。

　　本系目前有嵌入式系統、網路系統與軟體系統等三間電腦/儀器實驗室，可分別容納70、40與60名同學，供師生上課與課程實習。另有七間獨立空間的專題研究室供學生們使用。另本系也有一間專門放置系上老師們的伺器主機、網路交換器、防火牆與入侵偵測系統等重要設備之空調機房。